L'abbazia fu edificata nel luogo in cui secondo alcuni sorgeva uno dei templi pagani del Gargano, quello dedicato al medico Podalirio, legato al culto delle acque salutari.
Secondo altri la collina di Pulsano interessò il condottiero cartaginese Annibale il quale vi fece costruire una torre di avvistamento subito dopo lo scontro di Canne del 216 a.C.
Alla fine del VI sec. d.C. venne edificata una piccola badia dal duca Tulliano di Siponto per volere di papa Gregorio Magno, la quale fu affidata ai monaci dell'ordine di S. Equizio.
Questa comunità monastica venne sostituita dai monaci clunyacensi agli inizi del X sec., i quali resistettero per pochi anni alle continue incursioni saracene che nel 952 d.C. giunsero fino al santuario di S. Michele a Monte S. Angelo.
Le notizie sulla badia si fanno più sicure a partire dal XII sec., epoca della costruzione da parte di S. Giovanni da Matera della futura casa madre della Congregazione Pulsanese.
Sull'esempio del fondatore Giovanni, altri monaci vissero come lui cercando di conciliare lo spirito ascetico-contemplativo dei monaci orientali, con il carattere operoso e attivo dei monaci benedettini. Era questo l'ideale di vita dettato dall'ordine religioso dei monaci Pulsanesi, i quali alla fine del XII sec. potevano vantare possedimenti in tutta l'Italia peninsulare e ad anche oltre mare, in Dalmazia. Tuttavia, col passare del tempo, gli abati di Pulsano, dovendo occuparsi della gestione delle immense proprietà accumulate dalla congregazione, probabilmente persero di vista gli insegnamenti di Giovanni. Offuscate l'immagine, le gesta e le virtù del fondatore e dei suoi primi seguaci, cominciarono ad incrinarsi i rapporti fra la Casa Madre e i monasteri dipendenti, giungendo, a partire dagli inizi del XIV sec. alla separazione definitiva. La decadenza dell'ordine e dell'abbazia fu tanto rapida quanto rapido era stato lo sviluppo della comunità nel corso del XII sec.
Dopo la restaurazione, operata alla fine del '500 dall'arcivescovo Ginnasi, l'abbazia passò sotto diversi ordini monastici, prima di essere completamente distrutta da un violento terremoto nel 1646.
Il sito garganico di Pulsano è stato per lungo tempo un'importante tappa dell'itinerario sacro seguito dai pellegrini diretti alla vicina Grotta di S. Michele (Monte S. Angelo). Il pianoro, al cui margine meridionale sorge l'abbazia, è collegato a nord al Santuario di S. Michele, a sud alla città e al porto di Siponto, ad ovest alla c.d. Via Sacra Longobardorum (1) oltre ad essere centro di riferimento per i numerosi eremi e cenobi ricavati lungo i valloni di quest'angolo del Gargano (2).
Segni tangibili di questo passaggio sono i numerosi graffiti e le iscrizioni che si conservano sulle pareti del complesso, in corso di rilevamento ed interpretazione a cura del settore post-clssico della Soprintendenza Archeologica della Puglia, tra i quali quello raffigurante la Triplice Cinta Sacra, graffito su un concio di reimpiego, in uno degli ambienti laterali dell'abbazia.
Se da un lato in questa area la convergenza di caratteri morfologici e litologici soddisfaceva molte esigenze dell'impianto monastico originario, dall'altro lato la mancanza di vegetazione, l'azione dissolutrice dell'acqua piovana ed eventi sismici sono stati e continuano ad essere cause di smottamenti e frane che hanno mutato sensibilmente l'aspetto originario del complesso.
La chiesa ad unica navata, il cui presbiterio occupa parte di una grotta, ha subito numerosi rifacimenti ed è stata danneggiata da eventi sismici e da distacchi della roccia che ne hanno alterato sensibilmente l'originale planimetria, che, molto probabilmente, doveva essere a tre navate e svilupparsi longitudinalmente ben oltre l'attuale facciata.Le strutture murarie distrutte non vennero più ricostruite e al di sopra di esse, lì dove era possibile, vennero ricavati piani orizzontali. Queste nuove platee servirono o per impiantarvi edifici oppure esse divennero più facilmente suoli coltivati a terrazzo.

Da pochi anni, una piccola comunità di monaci si è stabilita a S. Maria di Pulsano e, coadiuvata da un nutrito gruppo di volontari, lavora per riportare l'abbazia all'antico splendore, seguendo gli insegnamenti del fondatore dell'ordine pulsanese, S. Giovanni da Matera.

(1) La Via Sacra Longobardorum, è la strada più importante che attraversava il Gargano. Divenne sacra dopo la diffusione del culto di S. Michele (VI sec.). In sostanza si trattava di un ramo della via Litoranea costeggiante l'Adriatico che si divideva a nord-est di S. Severo in contrada Brancia, dove si potrebbe localizzare l'antica Ergitium ( I.G.M. 156 III S.O. Brancia). Un tratto seguendo le pendici del Gargano sud-occidentale, proseguiva verso Siponto, l'altro tratto aggrediva la montagna garganica (F. P. Maulucci, Graffiti giudaico-cristiani sulle rotte del sacro Monte: S. Maria di Stignano, ed. Michael, Monte S. Angelo s.d.) e prima di giungere a Monte S. Angelo, oltrepassava importanti monasteri quali S. Maria di Stignano e S. Giovanni de Lama, ubicati in punti strategici a guardia delle rispettive vallate, e numerose altre chiese che offrivano ai viandanti ristoro e riposo (Un'attenta e particolareggiata descrizione dell'intero percorso di questa strada è in: V. Russi, Contributo agli studi di topografia antica e medievale del Gargano meridionale, estratto da San Matteo: storia, società e tradizioni nel Gargano, Atti del convegno sulla presenza francescana nel Santuario di San Matteo, S. Marco in Lamis 1978).

(2) Per la topografia di Pulsano sono state seguite le indicazioni del Sig. Vittorio Russi, a cui va un sentito ringraziamento anche per gli utili consigli su aspetti non prettamente topografici.

A cura di:

- Dott. Maurucci Francesco Paolo (Direttore Scientifico Scavi);

- Dott. Macchiarola Michele (C.N.R. Ravenna)

- Fiorella Gianluigi (Scavo Stratigrafico)